تقسیم بندی قارچ ها بر اساس نوع بستر رویش:

1- قارچ های چوب رست :  

قارچ هایی هستند که بر روی بسترهای حاوی سلولز و لیگنین رشد می کنند از جمله این قارچ ها می توان به آریکولاریا ، پلئوروتوس ، هایفزیوس و شیتاکه اشاره کرد.

2- قارچ های کود رست :

قارچ هایی هستند که بر روی بستر های حاوی کود حیوانی که به صورت کمپوست درآمده اند رشد میکنند از جمله این قارچ ها می توان به قارچ دکمه ای اشاره کرد.

3- قارچ های روینده بر روی بقایای بستر کشت قارچ های دیگر :

این قارچ ها بر روی بقایای حاصل از کمپوست های مصرف شده سایر قارچ ها ماننددکمه ای رشد میکنند از جمله این قارچ ها می توان کوپرینوس و لپستیانودا را نام برد.

تقسیم بندی قارچ ها بر اساس شکل تغذیه ای:

1- قارچ های خوراکی – دارویی :

 اغلب قارچ های خوراکی دارای خاصیت دارویی نیز میباشند . از جمله این قارچ ها می توان به قارچ های صدفی و دکمه ای اشاره نمود که در کشورمان نیز پرورش می یابند . مانند شیتاکه ، ولواریلا و ... البته برخی از این قارچ های خوراکی – دارویی به علت داشتن زندگی هم زیستی غیر قابل پرورش اند.

2- قارچ های دارویی :

این قارچ ها به علت دارا بودن نوع خاصی از بافت قابلیت خوراکی ندارند اما بعد از فرآوری ، عصاره آنها خاصیت دارویی خواهد داشت از جمله این قارچ ها می توان به گندرما لوسیدیم اشاره کرد.

3- قارچ های غیر خوراکی : قارچ هایی هستند که نه خاصیت خوراکی و نه خاصیت سمی دارند . اما جهت مصرف خوراکی مناسب نمی باشند از جمله می توان به برخی از قارچ های جنگلی اشاره کرد.

4-قارچ های سمی:

این قارچ ها به علت دارا بودن مواد خاصی در بافت خود خاصیت سمی داشته و قابل مصرف نیستند. این قارچ ها گاهی اوقات مسمومیت زا بوده و باعث ایجاد تهوع ، دل درد و سرگیجه میشود. اما انواع خاصی نیز وجود دارند که باعث مرگ می شوند که معروفترین این قارچ ها آمانیتای سفید یا قرمز است .